由于目前的分离技术是基于外泌体的大小、结构和一些膜蛋白的捕获，很难与其他囊泡和蛋白质区分开，所以需要进行外泌体鉴定，外泌体的鉴定主要依赖形态学特征、颗粒大小、标志性蛋白等。
通过提取外泌体总蛋白，用Western Blot方法对目的蛋白进行相对定 量，了解其在外泌体中的富集情况，或通过特有外泌体标志物的 Western Blot鉴定说明样本为外泌体。
根据国际囊泡协会规定，囊泡研究最小实验要求，总体表征：至少要鉴定3个EVs阳性（至少有一个跨膜蛋白，一个细胞溶质蛋白），1个EVs阴性蛋白标志物。
