外泌体蛋白一般包括：整体外泌体膜蛋白、内外周膜蛋白、脂质锚定外膜蛋白、脂质锚定内膜蛋白、外围表面蛋白和外泌体酶。其中一些广泛分布和细胞特异性的蛋白会被定位到外泌体中，包括细胞骨架蛋白、代谢酶、信号转导分子、热激蛋白（HSP70和HSP90）、四次跨膜蛋白（CD9、CD63、CD81和CD82）。
值得注意的是，这些已发现的外泌体蛋白中绝大部分也存在于其他类型细胞外囊泡中，包括一些所谓的“外泌体Marker”（如热激蛋白、flotillins、MHC分子）；而同时确有一些外泌体Marker被认为是相对特异的，包括CD9、CD63、CD81、TSG101、Alix、HSP70和HSP90。因此单独外泌体蛋白，是外泌体鉴定的必要不充分条件。
