根据外泌体来源不同，所处的生理环境不同，外泌体具有异质性特征。
1、大小异质性：大小异质性会导致不同数量的外泌体含量；
2、内含物异质性：细胞的微环境和固有的生物学特性可能会影响外泌体及其生物标记物的含量，外泌体可以包含膜蛋白、胞质蛋白和核蛋白、细胞外基质蛋白、代谢物和核酸(mRNA、非编码RNA和DNA)与它们来源的细胞相比，不同的蛋白质和核酸在外泌体中富集，表明了一种与外泌体生物发生和/或内容负载相关的特定蛋白质分类机制；
3、功能异质性：外泌体对受体细胞的影响可能不同，这种功能异质性可导致一组外泌体诱导细胞存活，另一组诱导细胞凋亡，不同组诱导免疫调节等；
4、来源异质性：异质性也可以基于外泌体起源的器官和组织，包括它们是否来自癌细胞，赋予它们独特的特性，如对某些器官的向性和被特定细胞类型的摄取。
