1、离心法
根据囊泡、细胞、细胞碎片及蛋白分子等在溶液中沉降系数的差异，通过逐渐增加离心力或者离心时间对外泌体进行分离，包括差速离心法和密度梯度离心法。
2、沉淀法
根据化合物与外泌体的理化特性，利用共沉淀或者反向筛选的方式对外泌体进行分离纯化。主要包括聚合物沉淀法和有机溶剂沉淀法（protein organic solvent precipitation，PROSPR）。
3、粒径分离法
根据外泌体与其他生物分子之间粒径大小的差异对外泌体进行分离。主要包括超滤法和排阻色谱法（size-exclusion chromatography，SEC）。
4、免疫亲和法
根据抗原抗体免疫反应，使抗体与外泌体表面相应抗原如黏附蛋白、四跨膜蛋白和整合素等特异性结合以实现外泌体的分离。
