据国际细胞外囊泡学会（ISEV）在2014年的提议，外泌体鉴定分为三个层面：透射电镜、Nanosight粒径、蛋白标志物。目前的常用的鉴定方法包括以下三种：
1. NTA粒径分析
纳米颗粒跟踪分析对每个颗粒的布朗运动进行追踪和分析，结合Stockes-Einstein方程式计算出纳米颗粒的流体力学直径和浓度，检测10nm–1000nm范围内的颗粒。
NTA技术已被外泌体研究领域认可为外泌体表征手段之一；相较于其他表征方式，NTA技术的样本处理更简单、更能保证外泌体原始状态、检测速度更快。
2. 外泌体电镜分析
双层囊膜结构是外泌体重要标志之一，但普通光学显微镜难以观察到此种亚显微结构。而透射电子显微镜分辨率可达0.1-0.2nm，可将被观察物体放大至数百万倍，是外泌体双层囊膜超微结构观测的经典方法。
3. 外泌体标志物鉴定
通过对经典文献中普遍采用的抗体进行验证和挑选，优选了多种外泌体标志物抗体，如CD9、CD63、CD81、HSP70、TSG101、Alix等。
