1868年，著名的德国生物学家Ernst Haeckel首次使用“干细胞”一词来描述受精卵产生生物体所有细胞的特性。
干细胞疗法的历史始于1888年，当时干细胞的定义由两位德国动物学Theodor Heinrich Boveri和Valentin Haecker首次提出，他们着手确定胚胎中能够分化成更特化细胞的独特细胞群。
1939年，第一个病例报告描述了为一名诊断为再生障碍性贫血的患者移植人骨髓。
1957年，E. Donnall Thomas博士开创了第一个异基因造血干细胞移植 (HSCT)。 在这项初步研究中，所有6名患者都死亡，只有2名患者由于当时骨髓移植的数量和潜在危害未知而表现出短暂植入的证据。
1958年，法国肿瘤学家George Mathe进行了第一次干细胞移植，以治疗六名使用骨髓移植意外接触放射性物质的核研究人员George Mathe在1963年的另一项研究揭示了科学界，因为他成功地对一名白血病患者进行了骨髓移植。
2000年，日本把以干细胞工程为核心技术的再生医疗列为“千年世纪工程”之一，当年投资108亿日元：同年，全世界有10622例造血干细胞移植。
2005年，我国首次报道自体骨髓干细胞移植治疗肝硬化。
截至2022年8月23日，全球已经有18款干细胞产品获批上市，6265项干细胞临床试验正在进行中，涉及200种适应症，8大系统疾病，譬如在呼吸系统、神经系统、内分泌系统、运动系统、免疫系统、生殖系统、循环系统以及消化系统等多系统领域均有成功案例报道。
