间充质干细胞（mesenchymal stem cell,MSC）是一群来源于中胚层，具有自我更新和多向分化潜能的干细胞。
MSC主要存在于成体结缔组织和器官间质等组织中，例如骨髓、脂肪、牙髓、胎盘、胰腺、肌肉、肌腱、脑、眼结膜、胎儿肝脏、脐血等组织中，脐带组织中也含有丰富的MSC。
间充质干细胞的免疫调节作用在其体外诱导分化后仍然存在，不同组织来源的MSC具有相似的免疫调节作用。
MSC的免疫调控作用和参与或促进各种损伤修复是其用于治疗自身免疫病的理论基础。多种原因诱导的自身免疫反应是导致自身免疫性疾病发生发展的关键前提和基础，而自身免疫性疾病所表现出的组织或器官损伤时临床诊断和治疗的重要目标。
一些强力免疫抑制药的应用对许多自身免疫性疾病的治疗起了重要作用，但目前还没有一种可以同时调节免疫功能和促进免疫损伤修复的理想药物和治疗措施。MSC的免疫调节作用的发现和应用为自身免疫性疾病的治疗开辟了新的思路。
MSC治疗系统性红斑狼疮（SLE），可以促进造血干细胞移植治疗后的造血免疫重建和治疗效果。单独给（SLE）患者输注MSC可以明显缓解临床症状和改善受累器官的功能。用于免疫调节治疗的MSC可以来源于自体，也可以来源于异体骨髓、脂肪、脐带等。
由于MSC本身的免疫原性较低，临床治疗中不需要进行HLA配型，非HLA相合的MSC已经在临床上应用于GVHD的治疗，并已取得良好的效果。
