1、干细胞的归巢性
干细胞周围的细胞形成像摇篮样的环境保护着干细胞，这一环境被称为微环境（干细胞巢，niche），它是干细胞存在的基础。微环境由和干细胞相邻的各种细胞、细胞外基质(ECM)以及多种细胞因子等构成。微环境不仅给干细胞提供养分，同时还指导干细胞的行动，决定干细胞的分化方向。
2、干细胞多向分化机制
干细胞是指一类能自我更新和分化为各种组织细胞的原始细胞。
它们在体内作为工兵细胞存在，在其它细胞及组织，器官损伤，炎症或者体内稳态改变等情况下，干细胞可变成血液，骨骼，皮肤等、肌肉及其他种子细胞依靠多向分化机制进一步分化为人体所需细胞进而可构成各种器官组织。
3、干细胞旁分泌机制
干细胞的旁分泌效应，能够表达、合成、分泌各类生长因子、细胞因子、调节因子、信号肽等多种生物活性分子，调节代谢、免疫、0细胞分化、增殖、迁移、营养、凋亡等活性因子，并通过这些因子平衡了机体的内稳态，为干细胞免疫调节、抗凋亡等提供了适宜的环境。
