近年来，干细胞在治疗脑瘫、脊髓损伤、脑外伤等神经系统疾病中获得了初步的成功，证实干细胞可以在一定程度上改善和修复神经系统的结构和功能，也为利用干细胞治疗抑郁症提供了理论依据。
干细胞是一类具自我更新能力和高度分化潜能的细胞，干细胞疗法用一种特定的方式将干细胞移植到病灶处并进行分化，修复受损的神经细胞，以达到治愈疾病目的。而在抑郁症方面，它也同样能够发挥重要作用。
活化的小胶质细胞通常分为经典型（M1）和替代型（M2）。M1小胶质细胞可能通过表达促炎性细胞因子（TNF-α、IL-1β、IL-6、iNOS和CCL2）导致神经营养系统功能障碍，从而导致神经毒性结果。M2型，有时又被称为神经保护性小胶质细胞表型，它能诱导不同介质（Ym1、Arg1、IL-10、IL-4和TGF-β）的释放以对抗炎症诱导的中枢神经系统损伤。因此M2小胶质细胞表型可能对抑郁症有治疗作用。
而间充质干细胞（MSCs）作为干细胞移植中应用最为广泛的一类，它能让M1型小胶质细胞转变成M2型。这种所谓的“镇静”效应可能与趋化因子轴CX3CR1/CX3CL1有关，激活的MSC释放CX3CL1上调CX3CR1/CX3CL1轴的表达，抑制小胶质细胞的激活或将活化的细胞转为静止状态。
