按照发育阶段分类，可分为胚胎干细胞（Embryonic Stem Cell）和成体干细胞（Adult Stem Cell）。
胚胎干细胞包括ES细胞（Embryonic Stem Cell）、EG 细胞（Embryonic Germ Cell）。
成体干细胞包括神经干细胞（Neural Stem Cell，NSC）、血液干细胞（Hematopoietic Stem Cell，HSC）、骨髓间充质干细胞（Mesen chymal Stem Cell，MSC）、表皮干细胞（EPidexmis Stem Cell）等。
按分化潜能，干细胞可分为，全能干细胞，多能干细胞，单能干细胞。
全能干细胞：具有形成完整个体的分化潜能，如受精卵。
多能干细胞：具有分化出多种细胞组织的潜能。如胚胎干细胞（ES）。
单能干细胞：只能向一种或两种密切相关的细胞类型分化。如神经干细胞、造血干细胞。
