理论上来讲，人体的任何组织都含有干细胞。
因为人体内所有组织中的细胞发生损伤或衰老，进而需要替换时，都会由组织中的干细胞分化出成熟的功能细胞，以替换损伤或衰老的细胞，修复人体组织。
目前，主要的提取来源有以下几种：
骨髓：骨髓中包含两种类型的干细胞。一种是造血干细胞，用于白血病的治疗。一种是间充质干细胞，起初用于治疗造血干细胞移植后发生的移植物抗宿主病，后来发现间充质干细胞是多能干细胞，能够分化为肝脏、大脑、上皮、心肌等多系统的功能细胞，对冠心病、糖尿病、神经损伤、自身免疫性疾病等慢性病都有治疗作用。
外周血：与骨髓类似，外周血中也含有造血干细胞和间充质干细胞，但比例和数量均低于骨髓。在临床，通常要应用药物将骨髓中的造血干细胞动员到外周血中，才能在外周血中提取数量比较充足的造血干细胞，用于造血干细胞移植，治疗白血病。
脂肪：将人体内的脂肪组织进行消化培养后，可以生长出大量的干细胞。经鉴定发现，干细胞的类型主要是间充质干细胞。欧盟已批准了首款款脂肪来源的间充质干细胞新药（Cx601），用于治疗难治性的克罗恩病瘘管。.
胎盘和脐带：脐带和胎盘统称为围产期组织。孩子出生时通常被丢弃的脐带和胎盘含有非常丰富的干细胞。脐带中提取的干细胞类型是间充质干细胞，在临床研究已广泛用于白血病、冠心病、中风、肝硬化、肠炎、自身免疫性疾病等几十种慢性病的治疗。
