一、骨髓
骨髓中包含两种类型的干细胞。一种是造血干细胞，用于白血病的治疗。
一种是间充质干细胞，起初用于治疗造血干细胞移植后发生的移植物抗宿主病，后来发现间充质干细胞是多能干细胞，能够分化为肝脏、大脑、上皮、心肌等多系统的功能细胞，对冠心病、糖尿病、神经损伤、自身免疫性疾病等慢性病都有治疗作用。
二、外周血
与骨髓类似，外周血中也含有造血干细胞和间充质干细胞，但比例和数量均低于骨髓。
三、脂肪
将人体内的脂肪组织进行消化培养后，可以生长出大量的干细胞。经鉴定发现，干细胞的类型主要是间充质干细胞。
四、经血
经血中能提取的干细胞类型主要是间充质干细胞，有研究报道能用于妇科疾病的治疗，如卵巢早衰、子宫内膜损伤等。然而，经血的量通常很有限，所提取的干细胞数量比较少。另外，经血很难保证无菌，一旦发生细菌污染，就不能使用了。
五、尿液
尿液中也含有干细胞，但尿液干细胞的研究还处于早期阶段，距离临床应用还有较远的距离。
六、胎盘和脐带
脐带中提取的干细胞类型是间充质干细胞，在临床研究已广泛用于白血病、冠心病、中风、肝硬化、肠炎、自身免疫性疾病等几十种慢性病的治疗。
